D'origen àrab, Benifallet fa referència a un patronímic que identifica un assentament clànic.

Per parlar de Benifallet, cal tenir en compte, en primer lloc, les pintures rupestres d’època neolítica que es van trobar a la cova de Culla, situada a la partida de Costumà, antiga baronia que data del segle XII, i també la Cova del Dos i la Cova de l'Aumidiella (dos de les cavitats del conjunt de Coves situades a la continuació de la Serra de Cardó), on es van trobar tres enterraments del neolític superior: una àmfora i un vas campaniforme.

També hi trobem al municipi els jaciments arqueològics d'Aldovesta, el Castellot de la Roca Roja o la vila romana del mas de Cachorro, que ens marquen la situació d'assentaments ben antics: fenici, ibèric i romà, respectivament. 

El JACIMENT PROTOHISTÒRIC d'Aldovesta es va descobrir el 1986. És un petit establiment indígena que presenta un gran interès perquè s'hi recuperarà el conjunt més elevat de ceràmiques fenícies d'occident a les nostres comarques. La seva cronologia deu anar del segle VII al segle VI aC.

El CASTELLOT DE LA ROCA ROJA se situa a l'extrem meridional de la Serra de Cardó, al marge esquerre del riu a uns 50-60 metres d'alçada s.n.m, dominant l'últim tram del congost de Benifallet. El Castellot és un dels jaciments d'aquesta àrea més ben conservats. Entre les estructures que podem observar destaca l'ampla muralla de barrera que delimita el poblat pel costat est. Cronologia entre el segle VII fins al segle II aC. 

Pel que fa a la vila de Benifallet, d'origen àrab, és ja mencionada en els primers documents posteriors a la conquesta cristiana de mitjan segle XII. Situada a la part septentrional de la comarca del Baix Ebre està envoltada per singulars muntanyes i acaronades pel riu Ebre que passa pel mateix costat del poble. Benifallet va representar un paper important de defensa en el conflicte de la guerra civil del segle XV. 

El nom de Benifallet s'esmenta per primera vegada el 1153. El lloc existia, doncs, abans de la conquesta de Tortosa per part de Ramon Berenger IV. Va pertànyer al terme de l'esmentada ciutat. Hi tingueren béns els Pinyol i també els Sentmenat.

Vinculada al sobirà, el 1208, el rei Pere el Catòlic li va atorgar a Guillem de Cervera, mentre visqués, a més del castell de Tortosa, Benifallet. El 1215 va restituir els béns a l'orde del Temple. Posteriorment Benifallet va tornar a la jurisdicció reial per mitjà de la seva vinculació amb la ciutat de Tortosa. Si Benifallet va pertànyer durant un temps als templers, Cardó i Sallent van ser del domini dels Montcada dins el terme general de Tortosa.

El 1207 Ramon de Montcada va donar aquests llocs a Bernat Oliver Fuster amb el seus termes i pertinences, perquè els posseís, explotés i hi establís conreadors. Bernat Oliver, el 1212 hi va fixar la residència d'un grup de pobladors i la seva vídua, el 1228, va vendre aquests llocs a Bernat Pinyol, que era senyor de Costumà.

El 1417, la senyoria d'aquests llocs (Cardó, Sallent i Costumà) va passar al monestir de Benifassà. Al cap de pocs anys, el 1459 van ser el forn, la sénia, el castell de Benifallet i els seus censos que van passar al monestir cistercenc de Benifassà.

Cal destacar també els viatges reials que van conduir a Benifallet. Procedent de València i acompanyat pel cèlebre escriptor Bernat Metge, el 26 de novembre de 1407 va arribar a Tortosa el rei Martí l'Humà, tan cansat del cavall que va sol·licitar de Barcelona que li enviessin un vaixell per a continuar el viatge embarcat. D'aquesta manera, es va aparellar per sortir de Tortosa els primers dies de 1408 i el 3 de gener "per lo matí, e recullis en II tartanes, e per lo riu amuntanàs dinar devant lo loch de Aldover dins la I de les dites tartanes; e partint degué a sopar e iaure al lloch de Benifallet".

D'aquí va partir novament dijous 5 de gener i "per lo riu amunt e anás dinar en la barque deuant Miravet e partint daqui pres terra deuant lo loch de Genestar e anà a sopar e iaure al loch de Tivissa". (Girona i Llagostera, D. "Itinerari del Rey Martí (1396-1402)". Anuari de l'Institut d'Estudis Catalans. 1911-1912).

Felip I d'Aragó i II de Castella va fer un viatge a Catalunya, l'any 1585, referit pel seu cronista de viatge Enric Cock: "Llevóse a las barquas tote el bagaje que se pudo, y siendo todo aparejado para el camino, el Rey mandó luego de comer dar vela para acabar las cuatro leguas que había de andar lo más presto que pudiese... El día siguiente, mártes á diez y siete, deixando á Ginestar entró en Benifalet, donde tenía alojamiento con los suyos, y allí quedó esta noche. Miércoles, dies y ocho de Diciembre, día de Nuestra Senyora de la O, para que más temprano fuese recibido de lo de Tortosa, que le deseabaan, vino á comer junto á Xierta...".

Un capítol de la història del municipi ens situa a l'expulsió dels moriscos. Hem de recordar que aquest eix vial de l'Ebre era la sortida natural de l'Aragó al mar i fou per on els moriscos catalans i aragonesos, entre el 15 de juny i el 16 de setembre de 1610, van ser enviats al Port dels Alfacs per a la seva expulsió, segons el decret signat per Felip III el 17 d'abril a Valladolid. Els moriscos aragonesos embarcats als Alfacs van ser 38.286 i els catalans embarcats foren 3.666. No obstant això, Don Pedro de Manrique, bisbe de Tortosa, va aconseguir que romanguessin nombrosos moriscos diocesans seus.

El 26 de juliol va fer pública la "Información de la notoria christiandad de los christianos nuevos de las villas y lugares de Tivenys i su término, García, Mora, Ribarroja, Vinebre, Teviça, Benifallet y Flix del obispado de Tortotsa en Catalunya" per la qual quedaven exempts de l'expulsió.

També Benifallet va notar la proximitat del front durant la Batalla de l'Ebre a la Guerra Civil Espanyola (1938) “en el sector sur, una brigada cruzará el río per Benifallet i rápidamente ocupará las alturas que dominan la orilla izquierda del río Canaletas y la Sierra de Vallplana...”, recull la “Orden General de Operaciones del Ejército del Ebro” datada el 22 de juliol de 1938 i signada pel coronel Modesto, Jefe del Ejército del Ebro. La Població civil es va refugiar al balneari de Cardó i a la Cova del Dos.